İstiklâl Mahkemeleri, Türkiye’nin Kurtuluş Savaşı yıllarında, ülkenin ve ulusun olağanüstü tehditlerle karşı karşıya olduğu bir dönemde kurulmuş özel yetkili mahkemelerdir. Bu mahkemeler, TBMM tarafından kendi içinden seçilen milletvekillerine olağanüstü yetkiler verilerek oluşturulmuş ve hızlı karar almayı sağlayacak şekilde tasarlanmıştır. İstiklâl Mahkemeleri iki dönemde faaliyet göstermiştir. Birinci dönem, 11 Eylül 1920’den 1922 sonuna kadar süren ve savaş sırasında kurulan 14 mahkemeyi kapsar. Bu dönemdeki mahkemeler, asker kaçakları, casusluk, bozgunculuk ve vatan hainliği gibi suçları yargılamıştır. İkinci dönem ise, 1923–1927 yılları arasında, Cumhuriyet’in kuruluş yıllarında ve Şeyh Sait İsyanı sonrasında kurulan üç mahkemeyi içerir. Bu dönemde ise isyanlar, Cumhuriyet’e ve ülke bütünlüğüne yönelik girişimler, suikast teşebbüsleri, halkı devrim karşıtı hareketlere yönlendiren yayınlar ve dini siyasete alet etme gibi suçlar incelenmiştir. İstiklâl Mahkemelerinin kuruluşunda, 1793’te Fransız İhtilali sırasında kurulan ve devrim düşmanlarını yargılamakla görevli İhtilâl Mahkemeleri örnek alınmıştır. Her iki mahkeme türü de gerek amaç gerek yetki gerekse çalışma yöntemleri açısından benzerlik göstermektedir.
Osmanlı Devleti’nin son yüz yılındaki iç güvenlik sorunları, Balkan Savaşları ve Birinci Dünya Savaşı sonrasında artan asker kaçakları ve eşkıya faaliyetleriyle birlikte büyük boyutlara ulaşmıştı. Özellikle Mustafa Kemal’in 1917 sonunda Harbiye Nezaretine gönderdiği rapor, asker kaçakları ve çetelerin yarattığı tehdidi açıkça ortaya koyuyordu. Mevcut sivil ve askerî mahkemeler, Millî Mücadele’nin koşullarına yanıt veremiyor; yargı süreçlerinin uzunluğu ve olağan yöntemler, cezaların ibret yönünü azaltıyordu. Bu nedenle, asker kaçaklarının önlenmesi ve ulusal otoritenin sağlanması amacıyla olağanüstü yetkili mahkemelere ihtiyaç duyulmuş ve 11 Eylül 1920’de çıkarılan “Firariler Hakkında Kanun” ile İstiklâl Mahkemeleri resmen kurulmuştur. Kanuna göre, askerlik görevini terk eden veya firara sebep olanlar, bunları saklayanlar ve direniş gösterenler, mahkemeler tarafından cezalandırılacaktı. Mahkemeler üç üyeden oluşuyor, kararları kesin ve infazı devletin tüm güçlerince sağlanıyordu.
İlk İstiklâl Mahkemeleri beş ay kadar çalıştıktan sonra 17 Şubat 1921’de görevlerine son verilmiş, yalnız Ankara İstiklâl Mahkemesi faaliyetine devam etmiştir. Mahkemeler, casusluk, bozgunculuk ve eşkıyalık gibi faaliyetlerinde bulunanları sert şekilde cezalandırmış; ancak firari askerler daha hafif suç işlemişse, uygun disiplin cezası ile birliklerine geri gönderilmişlerdir. İkinci İnönü Savaşı’nda Yunan ordusunun Batı Anadolu’da ilerlemesi ve Sevr’in kabul ettirilme tehdidi üzerine Mustafa Kemal, Başkomutanlık görevine getirilmiş; böylece İstiklâl Mahkemeleri, Başkomutanlık yetkisine doğrudan bağlanmıştır. Sakarya Savaşı’nın kazanılmasında bu mahkemelerin rolü büyüktür. 1922 yılına gelindiğinde, Meclis’in otoritesi sağlanmış, ordu kurulmuş ve iç güvenlik sağlanmış olduğundan, Temmuz 1922’de mahkemelerin görevine son verilmiştir. 31 Temmuz 1922’de çıkarılan 249 sayılı “İstiklâl Mehâkimi Kanunu” ile mahkemeler yeni bir biçim almış ve savcı görevlendirilmesi kabul edilmiştir; “Firariler Hakkında Kanun” ve ekleri yürürlükten kaldırılmıştır.
Cumhuriyet’in ilk yıllarında, İstanbul İstiklâl Mahkemesi 10 Aralık 1923–5 Şubat 1924 tarihleri arasında faaliyet göstermiştir. Bu sürecin ardından, 3 Mart 1924’te Tevhid-i Tedrisat Kanunu kabul edilmiş; aynı gün hilafet de kaldırılmıştır. 13 Şubat 1925’te başlayan Şeyh Sait İsyanı üzerine kurulan Ankara ve İsyan Bölgesi İstiklâl Mahkemeleri, 7 Mart 1925–7 Mart 1927 tarihleri arasında görev yapmıştır. Bu dönemde Şapka Kanunu’nun kabulü, Tekke ve Zaviyelerin kapatılması, Medenî Kanun ve diğer modern hukuk düzenlemelerinin yürürlüğe girmesiyle hukuk devrimi gerçekleştirilmiş; Türkiye Cumhuriyeti’nin modern kurumları bu süreçte şekillenmiştir. Söz konusu mahkemeler duruşmalarını halka ve basına açık olarak yürütmüş, isyan, suikast, asker kaçaklığı ve çeşitli ağır suçlar kapsamında yargılamalar yapmıştır. Bu iki yıllık dönem içerisinde idam edilenlerin sayısı 360 olarak kaydedilmiştir. İstiklâl Mahkemeleri, görevlerini 7 Mart 1927’de tamamlayarak kaldırılmış; ancak Takrir-i Sükûn Kanunu olası ihtiyaçlar göz önünde bulundurularak 1929 yılına kadar yürürlükte kalmıştır. İstiklâl Mahkemeleriyle ilgili 31 Temmuz 1922 tarihli yasa ve ekleri ise ancak 1949 yılında tamamen yürürlükten kaldırılmıştır.
İstiklâl Mahkemeleri, Türkiye’nin Kurtuluş Savaşı ve Cumhuriyet’in ilk yıllarında hem iç güvenliğin sağlanmasında hem de devrimlerin uygulanmasında hayati bir rol oynamıştır. Olağanüstü yetkilerle donatılmış bu mahkemeler, hızlı ve etkili karar alma mekanizmaları sayesinde asker kaçaklığı, isyan ve suikast gibi tehditleri bertaraf etmiş; aynı zamanda modernleşme ve hukuk reformlarının hayata geçirilmesine zemin hazırlamıştır. Tarihî sürecin gereği olarak kurulan İstiklâl Mahkemeleri, Cumhuriyet’in otoritesinin pekiştirilmesinde ve ulusal birliğin korunmasında unutulmaz bir yer edinmiştir.
