Mehmed Bahaeddin Ögel, 23 Nisan 1924’te Elazığ’da doğmuştur. Babası Harput eşrafından Şemseddin Bey, annesi Nadire Hanım’dır. İlk ve ortaokulu Elazığ’da bitirmiş, bu yıllarda Elazığ’da lise olmamasından ötürü eğitimine Malatya’da devam etmiştir. 1941 yılında Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih-Coğrafya Fakültesi Tarih Bölümüne kaydolmuştur. Yüksek puanıyla tercih edebileceği birçok bölüm içinde tarihçiliği seçmesinde çocukluğunun geçtiği Harput şehrinin dokusu ile lise çağında kaybettiği annesinin anlattığı öyküler etkili olmuştur.
Tarih bölümünde okurken Sinoloji, arkeoloji ve dil dersleri de almış, çalışkanlığı ve azmiyle henüz lisans döneminde hocalarının dikkatini çekmiştir. 1945’te mezun olmuş, çok istediği halde fakültede asistanlığa giremeyince Erzurum Lisesi’nde tarih öğretmenliği yapmaya başlamıştır. Buradaki yıllarında akademik çalışmalarını bırakmamış, 1947’de “Erzurum Anıtlarında Altay-Türk Sanatının İzleri” adlı ilk kitabını yayımlamıştır. IV. Türk Tarih Kongresi’nde sunduğu “İslâm’dan Önceki Türk Devletlerinde Tımar Sistemi” başlıklı tebliği ile Mehmed Fuad Köprülü’nün ilgisini çekmiştir. Bunun üzerine Köprülü, çalışmalarını daha rahat yapabilmesi için Ögel’in Ankara’daki Hasanoğlan Köy Enstitüsü’ne tayin edilmesine aracı olmuştur. Ancak kısa süre sonra kararnâmesi iptal edilince Ögel, öğretmenlikten istifa etmiştir.
Millî Eğitim Bakanlığı’nın doktora bursunu kazanarak Dil ve Tarih-Coğrafya Fakültesi Genel Türk Tarihi Kürsüsünde Prof. Dr. Wolfram Eberhard ile çalışmaya başlamış; “Uygur Devleti’nin Kuruluşu” adlı teziyle 1948 senesinin haziran ayında doktor ünvanını almıştır. 1948 ekiminde ise aynı kürsüde asistanlığa başlamıştır. 1951’de askere gitmiş, dönmeden evvel dil imtihanını vererek doçentliğe başvurmuştur. “Topkapı Saray Müzesi’nde Bulunan Minyatür Albümünün Mahiyeti Hakkında Notlar” başlıklı teziyle yaptığı ilk başvurusu ve bundan bir yıl sonra “Ressam Şeyhî, Üslubu ve Yaşadığı Devir” teziyle yaptığı ikinci başvurusu reddedilmiştir. Bundan sonra yönünü Asya Türk Tarihi çalışmalarına çevirmiştir.
1953’te Ankara Üniversitesi tarafından İran’a gönderilmiş, burada ilmî araştırmalar yapmıştır. Aynı yıl Alman Hükûmetinin bursuyla bir yıllığına Almanya’ya giderek Hamburg, Münih, Meinz Üniversitelerinde çalışmalarına devam etmesinin yanı sıra buralarda Asya tarihi çalışan ilmî otoritelerle tanışarak onların metot ve birikimlerinden faydalanmıştır. Buradaki çalışmaları neticesinde hazırladığı “Lio Devrinden Önceki Kitanlar” isimli tezini; Prof. Dr. Akdes Nimet Kurat, Prof. Dr. Halil İnalcık, Prof. Dr. Şinasi Altundağ, Prof. Dr. Zeki Velîdi Togan, Prof. Dr. Cavit Baysun’dan oluşan heyet önünde başarıyla savunarak bu kez doçentliğini almıştır. Fakültesinde açılan doçentlik kadrosuna bir pedagoji öğretmeninin atanmasını mahkemeye taşımış, haklı bulunmasına rağmen karar uygulamaya konulmadığı için ancak 1957’de kadroya girebilmiştir.
1959’da Alexander Von Humbold Vakfı’nın bursuyla bir kez daha Almanya’ya gitmiştir. Hem Batı dillerindeki eserler hem de Çince metinler üzerinden çalıştığı bu zaman diliminde “Türk Kültür Tarihine Giriş” eserinin de planını hazırlamıştır. 1961’de Türkiye’ye dönmüş fakat çalışmalarını yeterli bulmayarak Çin arşivlerini görmek istemiştir. Bu doğrultuda Tayvan Hükûmetine yaptığı başvuru olumlu yanıt almış, Taipei’de misafir öğretim üyeliğine kabul edilmiştir. Tayvan yıllarında kendi imkanlarıyla gittiği Japonya’da da araştırma yapmıştır. 1962 yılında, arkeolojik buluntuları temel alarak Türk tarihi ve kültürünü anlattığı “İslâmiyet’ten Önce Türk Tarihi: Orta Asya Kaynak ve Buluntularına Göre” kitabı Türk Tarih Kurumu tarafından basılmıştır. 1964’te bir kez daha Türkiye’ye dönmüş, Çin’deki araştırmalarından elde ettiği kaynaklarla hazırladığı ve ilk olarak Tayvan’da basılan “Sino-Turcica” adlı eserini profesörlük takdim tezi olarak sunmuştur. Prof. Dr. Zeki Velîdi Togan, Prof. Dr. Mehmet Altay Köymen, Prof. Dr. İbrahim Kafesoğlu, Prof. Dr. Akdes Nimet Kurat, Prof. Dr. Şinasi Altundağ’dan oluşan heyetin kabulüyle 1965’te profesör olmuştur. Pek çok idarî görev de üstlenmiş, Türk Tarih Kurumu’nun aslî üyesi olmuştur. 1987’de Ulanbator’daki V. Uluslararası Mongolistler Kongresi dönüşünde sağlık problemleri yaşamış ve akciğer kanseri teşhisi konulmuştur. Buna rağmen son nefesine dek akademik çalışmalarına devam etme çabası içinde olmuş, doktorlarına “masada bekleyen işlerim var” demiştir. 7 Mart 1989’da emekli olmadan vefat etmiştir.
Ardında bıraktığı Türk Kültür Tarihine Giriş, Büyük Hun Tarihi, İslâmiyet’ten Önce Türk Kültür Tarihi gibi pek çok kıymetli eser içinde Türk Mitolojisi kitabı, bu alanda yapılan ilk ve en kapsamlı çalışma olarak özel bir yer edinmiştir. “Türk mitolojisi” kavramını ortaya koyduğu bu kitabında Türk destan ve efsanelerini anlatmış, Türk inanç sistemi içinde yer alan kutsal unsurlara dikkat çekmiştir.
